食用菠萝蜜子可能引起过敏反应，如皮肤潮红、发疹、瘙痒、呕吐、腹痛、腹泻以及过敏性休克。一般认为和某些个体对所含波萝蛋白酶过敏有关。民间经验，食用前先以盐水浸泡，可免过敏。如发生过敏反应，主要采取对症疗法。