菘蓝根含靛蓝(indigotin，indigo)，靛玉红(indirubin)，蒽醌类、β-谷甾醇(β-sitosterol)，γ-谷甾醇(γ-sitosterol)以及多种氨基酸：精氨酸(arginine)，谷氨酸(glutamic acid)，酪氨酸(tyrosine)，脯氨酸(proline)，缬氨酸(valine)，γ-氨基丁酸(γ-aminobu-tyric acid)。还含黑芥子甙(sinigrin)，靛甙(indoxyl-β-
hlucoside)，色胺酮(trptanthrin)，1-硫氰酸-2-羟基丁-3-烯(l-thiocyano-2-hydroxy-3-butene)，表告伊春(epigoitrin)，腺甙(adenosine)，棕榈酸(palmitic acid)，蔗糖(sucrose)和含有12%氨基酸的蛋白多糖。
还含有抗革兰氏阳性和阴性细菌的抑菌物质及动力精。
