优质的金针菇颜色应该是淡黄至黄褐色，菌盖中央较边缘稍深，菌柄上浅下深；还有一种色泽白嫩的，应该是污白或乳白。不管是白是黄，颜色特别均匀、鲜亮，没有原来的清香而有异味的，可能是经过熏、漂、染或用添加剂处理过，要留意其药剂会不会影响健康，残留量是否达标。金针菇罐头如果颜色鲜亮，有刺鼻气味，汤汁混浊且有悬浮物的，可能是经过特殊处理的，不可选购。

新鲜的金针菇如果需要保存，可以将根部剪掉后，在淡盐水中浸泡10分钟，沥干后再冰箱冷藏保存，这样可以保存一周左右。如果是加工制品（如金针菇罐头），则建议开封后立即食用，不宜久存。