木瓜大多丰腴甜美，挑选木瓜宜选择外观无瘀伤凹陷，果型以长椭圆形且尾端稍尖为佳。木瓜有公母之分。公瓜椭圆形，身重，核少肉结实，味甜香。母瓜身稍长，核多肉松，味稍差。生木瓜或半生的比较适合煲汤；作为生果食用的应选购比较熟的瓜。木瓜成熟时，瓜皮呈黄色，味特别清甜。皮呈黑点的，已开始变质，甜度、香味及营养都已被破坏了。

成熟的木瓜果肉很软，不易保存，购回后要立即食用。若买后不打算立即食用，建议选择尚未全黄略带青色为优，待回家后摆放1至2天，再以报纸包好放入冰箱冷藏，至多可以保存约4至5天。