发酵豆采收前掉落土中发酵的咖啡豆。发霉的异味，会对咖啡美味造成莫大的影响。　　死豆又称未熟豆，或受气侯因赤的影响，发育不健全。煎焙后会产生煎斑，使咖啡有股青涩味。　　黑豆发酵豆，已腐败、变黑的咖啡豆。因为是黑色，一眼即可与正常的咖啡豆区分出来。　　蛀虫豆受虫侵害的咖啡豆。残缺豆可能是作业时卡到，或是搬运中处理不慎，造成咖啡豆的残缺。会造成煎焙时有煎斑，且会产生苦味及涩味。　　其它残留薄皮的豆、发育不良的豆、干燥不完全产生霉味的豆、只有外壳的(贝壳豆)

烘焙过的咖啡豆，很容易受到空气中的氧气产生氧化作用，使得所含的油质劣化，芳香味亦挥发消失，再经过温度、湿度、日光等而加速变质。因此，咖啡豆的保存方法通常是要求密闭、低温和避光。